Trong quá trình phát hành hóa đơn, không ít doanh nghiệp gặp tình trạng xuất hóa đơn điện tử bị trùng do lỗi hệ thống, thao tác nhầm lẫn hoặc sự cố kỹ thuật. Đây là lỗi cần được xử lý kịp thời, bởi hóa đơn trùng có thể gây rủi ro về pháp lý và thuế. Vậy, khi gặp trường hợp này, doanh nghiệp cần làm gì để khắc phục đúng quy định? Hãy cùng FAST tìm hiểu chi tiết qua bài viết dưới đây.

Xuất trùng hóa đơn điện tử có hợp lệ không?
Theo quy định của pháp luật, mỗi giao dịch mua bán hàng hóa, dịch vụ chỉ được lập một hóa đơn duy nhất. Việc phát hành 2 hoặc nhiều hóa đơn có cùng thông tin giao dịch sẽ được coi là hóa đơn không hợp lệ.
Nếu không xử lý kịp thời, doanh nghiệp có thể gặp phải:
- Sai sót trong báo cáo thuế và chi phí.
- Gây nhầm lẫn, tranh chấp giữa bên bán và bên mua.
- Nguy cơ bị xử phạt vi phạm hành chính theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP.
Doanh nghiệp bắt buộc phải tiến hành hủy hóa đơn trùng hoặc phát hành hóa đơn điều chỉnh/thay thế (nếu đã kê khai thuế).
Cách hủy hóa đơn khi xuất trùng hóa đơn điện tử
Trường hợp phát hiện có từ 2 hóa đơn điện tử trở lên trùng nhau, doanh nghiệp chỉ được giữ lại 1 hóa đơn hợp lệ và phải hủy bỏ các hóa đơn còn lại.
Căn cứ khoản 1, Điều 19 Nghị định 123/2020/NĐ-CP:
- Người bán thông báo với cơ quan thuế theo Mẫu số 04/SS-HĐĐT về việc hủy hóa đơn điện tử có mã đã lập sai sót.
- Sau đó lập hóa đơn điện tử mới, ký số gửi cơ quan thuế để được cấp mã thay thế.
- Cơ quan thuế sẽ hủy hóa đơn sai sót lưu trên hệ thống.
Ngoài ra, theo Công văn 2257/TCT-CS (2023), trong trường hợp xuất trùng 2 lần, doanh nghiệp cần:
- Giữ lại 01 hóa đơn điện tử đã lập.
- Hủy các hóa đơn điện tử bị trùng.
- Gửi Mẫu số 04/SS-HĐĐT kèm theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP cho cơ quan thuế.

Hướng dẫn kiểm tra hóa đơn điện tử xuất trùng đã hủy chưa
Để tra cứu tình trạng hóa đơn điện tử, doanh nghiệp có thể thực hiện trực tuyến trên Cổng thông tin hóa đơn điện tử của Tổng cục Thuế theo các bước:
Bước 1: Truy cập website, nhập thông tin (mã số thuế, loại hóa đơn, ký hiệu, số hóa đơn, tổng tiền, mã captcha).
Bước 2: Nhấn “Tìm kiếm”.
Bước 3: Kiểm tra trạng thái hóa đơn:
- Trường hợp 1: Thông báo “Đã cấp mã hóa đơn” → hóa đơn chưa được hủy.
- Trường hợp 2: Thông báo “Không tồn tại hóa đơn” → có thể nhập sai thông tin tra cứu.
- Trường hợp 3: Thông báo “Hóa đơn đã bị xóa/hủy bỏ” → hóa đơn đã được xử lý thành công.
Giải pháp phòng tránh xuất trùng hóa đơn điện tử
Sử dụng phần mềm hóa đơn điện tử uy tín
Một trong những nguyên nhân phổ biến gây ra việc xuất trùng hóa đơn là sử dụng phần mềm thiếu tính năng cảnh báo hoặc không đồng bộ với dữ liệu kế toán. Do đó, doanh nghiệp nên lựa chọn giải pháp uy tín như Fast e-Invoice – phần mềm hóa đơn điện tử được tích hợp chặt chẽ với hệ thống kế toán và ERP của FAST.

Xây dựng quy trình nội bộ rõ ràng
Ngoài việc sử dụng công nghệ, yếu tố con người cũng rất quan trọng. Doanh nghiệp cần xây dựng quy trình phát hành hóa đơn với các bước kiểm soát cụ thể:
- Phân quyền rõ ràng: Người lập, người kiểm tra và người ký số hóa đơn cần được tách biệt để tránh trường hợp một cá nhân thao tác toàn bộ quy trình.
- Bổ sung bước duyệt: Trước khi phát hành hóa đơn ra ngoài, bộ phận kế toán hoặc quản lý nên có bước duyệt thông tin lần cuối để ngăn ngừa nhầm lẫn.
- Ghi nhận nhật ký xử lý: Lưu lại lịch sử thao tác để dễ dàng truy xuất khi cần kiểm tra hoặc đối chiếu.
Quy trình chặt chẽ sẽ giúp doanh nghiệp hạn chế tối đa tình trạng phát hành trùng, đồng thời tạo cơ sở minh bạch khi cơ quan thuế kiểm tra.
Đào tạo nhân viên kế toán
Một trong những “lỗ hổng” dễ dẫn đến việc xuất trùng hóa đơn là nhân viên chưa nắm rõ quy trình hoặc thao tác thiếu chính xác. Do đó, doanh nghiệp cần:
- Tổ chức các buổi đào tạo định kỳ về cách sử dụng phần mềm hóa đơn điện tử.
- Hướng dẫn nhân viên cách đối chiếu số liệu trước khi ký số.
- Cập nhật kịp thời các quy định pháp luật mới liên quan đến hóa đơn điện tử để tránh sai sót trong thực hiện.
Khi nhân viên được trang bị đầy đủ kiến thức và kỹ năng, doanh nghiệp sẽ giảm thiểu được rủi ro từ yếu tố con người.
Ứng dụng phần mềm kế toán có tích hợp hóa đơn điện tử
Đối với các doanh nghiệp vừa và lớn, việc quản lý dữ liệu rời rạc giữa các bộ phận dễ dẫn đến sai sót khi phát hành hóa đơn. Lúc này, giải pháp tối ưu là ứng dụng các phần mềm kế toán có tích hợp trực tiếp hóa đơn điện tử như Fast Accounting, Fast Accounting Online…, giúp hạn chế tối đa sai sót:
- Tự động đối chiếu thông tin chứng từ và đơn hàng trước khi phát hành hóa đơn.
- Cảnh báo trùng số hóa đơn, trùng khách hàng hoặc giá trị hóa đơn.
- Khóa dữ liệu sau khi phát hành, tránh chỉnh sửa hoặc xuất lại nhầm.
- Kiểm tra trạng thái hóa đơn theo thời gian thực với hệ thống hóa đơn điện tử.
- Kết nối trực tiếp với cơ quan thuế, đảm bảo thông tin phát hành hợp lệ.
Sự đồng bộ này không chỉ giúp phòng tránh xuất trùng hóa đơn mà còn nâng cao hiệu quả quản trị tổng thể của doanh nghiệp.
Đối chiếu thường xuyên với dữ liệu thuế
Ngoài việc kiểm soát nội bộ, doanh nghiệp cũng cần thường xuyên đối chiếu dữ liệu với cơ quan thuế. Cách thực hiện:
- Kiểm tra định kỳ danh sách hóa đơn đã phát hành trên phần mềm kế toán.
- Đối chiếu với dữ liệu kê khai thuế để phát hiện sớm những trường hợp bất thường.
- Sử dụng chức năng tra cứu trên Cổng thông tin hóa đơn điện tử của Tổng cục Thuế để kịp thời xác minh trạng thái hóa đơn.
Nhờ đó, doanh nghiệp không chỉ phát hiện nhanh các hóa đơn trùng, mà còn xử lý kịp thời trước khi cơ quan thuế tiến hành thanh kiểm tra.
